Hijo de campesinos muy modestos, Marcelino Juárez y Brígida García, quedó huérfano a la edad de tres años. Abandonó su pueblo debido a la pobreza en que vivía fugándose de la casa de su tío el 17 de diciembre de 1818 para dirigirse a la ciudad de Oaxaca.

En esta ciudad vivió con su hermana Josefa, quien servía en la casa de don Antonio Maza. Fue pastor y sirviente en casa de quienes posteriormente serían sus suegros, los señores Maza, donde en cierta ocasión comió el entonces presidente Antonio López de Santa Anna.

Años más tarde, Juárez aseguró que Santa Ana lo odiaba porque no podía soportar que aquel indio que por entonces le sirvió se convirtiera después en su presidente.

Su primer trabajo en la ciudad fue de cuidandero de una granja. Posteriormente fue aprendiz del encuadernador franciscano Antonio Salanueva, este sacerdote español lo protegió y gracias a él logró cursar estudios de derecho en un seminario que continuó en el Instituto de Ciencias y Artes. Llegó a hablar perfectamente el latín.

Antes de ser político, Juárez se dedicó a la docencia. A los 24 años se convirtió en encargado del Aula de Física del Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca y un año después se convirtió en rector del instituto, siendo de los más jóvenes en ocupar tal cargo.

En el año 1847 fue nombrado gobernador del estado de Oaxaca, cargo en el que volvió a ser elegido un año después, para un periodo de cuatro años.

Como gobernador, Juárez duplicó las escuelas, pasando de 50 a 100. En 1854 promulgó el Plan de Ayutla, en el que se pedía la creación de una asamblea constituyente en el marco de una Constitución federal.

Al hacerse con el poder el general Antonio López de Santa Anna en 1853, fue encarcelado y desterrado a La Habana. Deportado a Nueva Orleans (Luisiana, Estados Unidos) donde envolvía tabaco para subsistir. Volvió en 1855 a su país y participó en la revolución liberal que venció a Santa Anna.

Fue secretario de Justicia del nuevo gobierno y dio inicio a las “Leyes de Reforma” (reformas liberales), que fueron incluidas en la Constitución de 1857.

Como secretario de Justicia, expidió una ley con su nombre que terminó con la jurisdicción de la Iglesia y separó su relación con el estado. Un año después comenzó a ejercer como presidente provisional tras estallar una rebelión encabezada por elementos conservadores.

Poco a poco le fueron comiendo terreno hasta verse en una situación en la que debía huir de la capital, por lo que trasladó la nueva sede de su gobierno a Veracruz donde inició una serie de reformas radicales, como la reducción del poder de la iglesia católica mediante el embargo de propiedades eclesiásticas. Venció en 1860 a las fuerzas conservadoras estableciendo de nuevo su gobierno en Ciudad de México.

En 1861, y de acuerdo con la Constitución, lo nombraron presidente; con este cargo creó el Registro Civil, abrogó los privilegios del clero, confiscó todos sus bienes y reconoció todas las religiones.

Debido a la mala situación financiera, causada por cinco años de guerra civil, se vio obligado a suspender pagos a los acreedores extranjeros. Francia, España y Gran Bretaña, como medida de protesta, desembarcaron tropas en Veracruz. Negoció con Gran Bretaña y España consiguiendo que sus tropas abandonaran México, aunque los franceses continuaron en el país y se hicieron con Ciudad de México.

Maximiliano, archiduque de Austria, impuesto por el emperador Napoleón III de Francia fue coronado emperador de México en 1864.

Juárez movió su capital al norte del país y continuó con la resistencia militar. En 1867 venció al gobierno de Maximiliano y fue reelecto presidente de la República; se dedicó a organizar la situación económica del país, redujo el ejército, organizó una reforma educativa, ordenó sofocar los alzamientos militares y enfrentó la división de los liberales.

Se mostró respetuoso ante la organización de los obreros y artesanos. A pesar de todo, existían varios sectores en contra de su gobierno, entre ellos, Porfirio Díaz, candidato político que encabezó una rebelión en 1871.

Se cree que fue iniciado en la masonería en el Rito Yorkino en Oaxaca, aunque para otros fue en el Rito Nacional Mexicano llegando al máximo grado, el nueve, que equivale al grado 33 del Rito Escocés Antiguo y Aceptado.

A su ceremonia de iniciación concurrieron distinguidos masones, como Manuel Crescencio Rejón, autor de la Constitución de Yucatán de 1840; Valentín Gómez Farías, Presidente de México; Pedro Zubieta, comandante General en el Distrito Federal y el Estado de México; diputado Fernando Ortega; diputado Tiburcio Cañas; diputado Francisco Banuet; diputado Agustín Buenrostro; diputado Joaquín Navarro y el diputado Miguel Lerdo de Tejada. Siendo aprendiz masón adoptó el nombre simbólico de Guillermo Tell.

Su esposa Margarita Maza Parada, fue su segunda cónyuge pues antes estuvo casado y parece que tuvo un hijo aunque se desconoce el nombre de su primera cónyuge.

Al contraer matrimonio, con Margarita ésta tenía 17 años, mientras que él contaba 37. El matrimonio Juárez-Maza, enfrentó la separación y la muerte prematura de cinco de sus doce hijos.

Juárez pasó sus últimos meses intentando acabar con las distintas rebeliones. Falleció repentinamente la noche del 18 de julio de 1872 en el Palacio Nacional, Ciudad de México.