Desde que asumió la presidencia, Santiago Peña ha firmado decretos que han resultado en la baja deshonrosa de 35 miembros de las Fuerzas Armadas de la Nación. Esta medida, la más severa que puede imponerse en el ámbito militar, se ha aplicado en casos que involucran una variedad de transgresiones, desde soborno hasta abuso de autoridad y deserción.

El caso más reciente involucra al ex coronel Luis María Belotto Quiñónez, quien fue condenado por intentar introducir un teléfono móvil en la celda del narcotraficante Miguel Insfrán, alias "Tío Rico". Belotto, junto con su esposa y un abogado, fue hallado culpable de soborno agravado tras intentar sobornar al mayor Guillermo Moral (posteriormente asesinado) para que facilitara la entrega del celular en la prisión de Viñas Cué. El Tribunal de Honor de las Fuerzas Armadas calificó la conducta de Belotto como indigna, alegando que se aparta de los principios éticos fundamentales que deben regir a los miembros de la institución, como la honestidad, el respeto y la integridad.